2.1 不同腫瘤組基因多態(tài)性的分布

經(jīng)過NGS和生物信息學分析后，佳學基因檢測獲得了一系列對相應蛋白質(zhì)結(jié)構(gòu)和功能具有高度或中度影響的基因變異。對這些具有不同影響的基因變異進行了組合分析或單獨分析，以確定具有不同影響的變異對卵巢腫瘤結(jié)果的影響是一致還是不一致。此外，還有兩個問題需要澄清。首先，在44個基因的面板中，一個額外的致癌基因KCNMB3 被富集，該基因是非預期的基因解碼對象。這可能是因為它的基因座與PIK3CA基因的基因座部分重疊，而 PIK3CA 基因最初包含在面板中，由相反的 DNA 鏈編碼。同樣，在熱點面板中，一個額外的基因FBXW7-AS1被富集，它是熱點面板中存在的FBXW7基因 [ 17 ]的反義轉(zhuǎn)錄本。其次，佳學基因檢測團隊在另一篇論文中描述了CRNDE基因（在 44 基因組中添加）的多態(tài)性，因此本文不再贅述。

當在整個卵巢腫瘤組中使用 44 個基因面板時，佳學基因檢測發(fā)現(xiàn)了 85 種獨特的、以前未描述過的變異（71 個新的 SNP 和 14 個新的非 SNP）。。圖 1 A、B（具有高或中等影響 (A) 或僅為高影響 (B) 的變異）。在圖 1 C-F 和圖 S1C、E中，顯示了相關(guān)的箱線圖，分別描繪了不同卵巢腫瘤組中 SNP 和非 SNP 變異的總體頻率。這些箱線圖還補充了詳細的統(tǒng)計測試。此外，圖 S2A - F 還顯示了每個腫瘤組每個基因的 SNP 或非 SNP 變異的平均計數(shù)。當綜合考慮所有變異時（圖 1 A），最常改變的基因（至少一個組中改變的樣本比例 > 0.5）是BRCA1、BRCA2、FANCA、SEM1和TP53 。但是，如果僅考慮高影響變異（圖 1 B），則遺傳變異頻率最高（> 0.3）的是BRCA1和TP53基因，以及高級別卵巢癌（hgOvCa）組。相比之下，與所有剩余腫瘤組相比，在沒有BRAF V600E 突變的BOT 中，對蛋白質(zhì)結(jié)構(gòu)/功能具有高/中等影響（圖 1 C）或僅有中等影響（圖 S1C ）的 SNP 數(shù)量明顯更高。此外，相同的分析顯示，BOT.V600E 腫瘤的特征是 SNP 數(shù)量明顯低于 hgOvCa。值得注意的是，在高級別卵巢癌（hgOvCa）中，與所有其他腫瘤組相比，高影響基因變異（SNP 或非 SNP）的數(shù)量顯著升高，除了在 低級別卵巢癌（lgOvCa）與高級別卵巢癌（hgOvCa）比較中影響較大的 SNP（圖 1 D-F）。值得注意的是，對蛋白質(zhì)結(jié)構(gòu)/功能僅有中等影響的非 SNP 數(shù)量并未顯著區(qū)分任何卵巢腫瘤組（圖 S1E），這可能是因為這些變異的頻率較低（僅在三個基因ATRX、CHEK1和PTEN中發(fā)現(xiàn)了六種此類變異，僅在 9 個高級別卵巢癌（hgOvCa）腫瘤中發(fā)現(xiàn)。

對于熱點面板，佳學基因檢測發(fā)現(xiàn)了 82 種獨特的、以前未描述過的遺傳變異（75 個新的 SNP 和 7 個新的非 SNP）。它們的列表可以在Supplement-variants.xlsx中找到。圖 2 A、B（具有高或中等影響（A）或僅為高影響（B）的變異）和圖 S1B（僅為中等影響的變異）顯示了每組腫瘤中所有基因中檢測到的所有變異（SNP 和非 SNP 合并）的累積頻率。在圖 2 C-F 和圖 S1D、F中，顯示了相關(guān)的箱線圖，分別描繪了不同卵巢腫瘤組中 SNP 和非 SNP 變異的總體頻率。這些箱線圖還補充了詳細的統(tǒng)計測試。此外，圖 S2G -L還顯示了每個腫瘤組每個基因的 SNP 或非 SNP 改變的平均計數(shù)。當同時考慮高影響變異和中度變異，以及 SNP 和非 SNP 時（圖 2 A），最常改變的基因（至少一個組中改變的樣本比例 > 0.5）是PTCH1（在所有腫瘤組中均發(fā)生改變）和TP53（主要在高級別卵巢癌（hgOvCa）中發(fā)生改變）。有趣的是，在熱點面板中，BRCA1基因中的遺傳變異的識別頻率低于在 44 基因面板中的頻率。然而，如果僅考慮高影響變異，則使用兩個面板檢測到的BRCA1和TP53的突變譜相似，揭示了在 OvCa 中這些基因的遺傳變異頻率很高，尤其是在高級別卵巢癌（hgOvCa）中（圖 1 B 和圖 2 B）。值得注意的是，在熱點面板中，佳學基因檢測還在一個lgOvCa樣本中檢測到了TP53基因的兩個變異（chr17:g.7674921C>A，p.Glu204Ter和chr17:g.7676218C>A，p.Glu51Ter）。這兩個SNP在44個基因面板中均未發(fā)現(xiàn)，可能是因為它們的頻率較低，分別為11%和14%。需要在此提及的是，在佳學基因檢測的生物信息學工作流程中，所有頻率低于10%的序列變異都被過濾掉，以消除由DNA聚合酶錯誤引起的變異，以及那些過于罕見以至于既無法產(chǎn)生明顯的臨床效果也無法通過桑格測序成功驗證的變異。

當僅考慮 SNP 時，熱點面板的結(jié)果與 44 基因面板的結(jié)果在 BOT 組中非高影響 SNP 的頻率方面存在重要差異。在熱點面板中，BOT 中此類 SNP 的數(shù)量明顯低于兩個 OvCa 組（圖 2 C 和圖 S1D）。相比之下，在 44 基因面板中，BOT 中的非高影響 SNP 比所有其他腫瘤組都豐富得多（圖 1 C 和圖 S1C）。然而，當考慮高影響 SNP 或所有非 SNP 時，這種分歧消失了（圖 1 D-F 和圖 2 D-F），表明在兩個面板中高級別卵巢癌（hgOvCa）的基因改變頻率均高于 BOTS。

將每個樣本每個基因的所有 SNP 和非 SNP 變異相加并二值化（至少存在一個變異 vs. 無變異）。隨后對該數(shù)據(jù)集進行的統(tǒng)計分析（如表 1所示）顯示，無論基因組合和變異影響如何， TP53都是低侵襲性腫瘤（BOT、BOT.V600E 和 lgOvCa）與 hgOvCa（后者突變頻率更高）之間最具區(qū)分性的基因。該規(guī)則的唯一例外是熱點組合中 低級別卵巢癌（lgOvCa）與高級別卵巢癌（hgOvCa）對比中存在高影響變異，未觀察到統(tǒng)計學顯著性。

這里值得一提的另外兩個基因是BRCA1和BRCA2，因為在本基因解碼中，它們的突變譜似乎不僅取決于所使用的基因組，還取決于基因變異對這些基因編碼的蛋白質(zhì)的結(jié)構(gòu)和功能的影響。在 44 基因組中，如果考慮中等影響變異，則上述兩個基因在 BOT 中的變異頻率高于 hgOvCa。如果包括BRCA2基因中影響較大的變異，這種規(guī)律仍然適用。相比之下，只有影響較大的BRCA1變異在高級別卵巢癌（hgOvCa）中出現(xiàn)的頻率遠高于所有其他卵巢腫瘤組（表 1）。在熱點組中，不包括BRCA2基因，而無論僅考慮影響較大的變異還是考慮所有基因變異，hgOvCa中的BRCA1多態(tài)性數(shù)量都明顯高于 BOT。

在本基因解碼中，KRAS基因的高強度或中等影響變異最能將 BOT 與除 低級別卵巢癌（lgOvCa）之外的所有其他腫瘤組區(qū)分開來。在另外兩個參與泛素化的基因FANCB和SEM1中，中等影響變異在 BOT 中的出現(xiàn)頻率明顯高于在 OvCa ( SEM1 ) 或高級別卵巢癌（hgOvCa）( FANCB ) 中出現(xiàn)的頻率。值得注意的是，這兩個基因的變異并不能將 BOT 與 BOT.V600E 區(qū)分開來。此外，在本基因解碼的兩個小組基因解碼的 76 個不同基因中，BRAF是唯一一個在 BOT.V600E 腫瘤中突變頻率高于所有其他組的基因。

與 BOT.V600E 和高級別卵巢癌（hgOvCa）相比， KRAS基因變異不僅在 BOT 中頻繁發(fā)生，在 低級別卵巢癌（lgOvCa）中也同樣頻繁發(fā)生。除KRAS外，另外兩個基因ATM和NRAS的變異在 低級別卵巢癌（lgOvCa）中也較為常見。在 低級別卵巢癌（lgOvCa）中，ATM 的變異頻率高于在 BOT.V600E 組中，但這種規(guī)律性僅限于中等影響的變異。至于NRAS，與其余三個腫瘤組相比，該基因的中等影響變異在 低級別卵巢癌（lgOvCa）中較為常見。

為了驗證所選基因的多態(tài)性，佳學基因檢測采用了梯度PCR結(jié)合桑格測序的方法。通過這項技術(shù)，佳學基因檢測成功驗證了TP53基因中一個先前發(fā)現(xiàn)的變異（chr17:g.7670658_7670659insA，p.Lys351Ter）以及七個新的變異（SNP和非SNP），這些變異對蛋白質(zhì)的結(jié)構(gòu)/功能具有中等或高度影響。驗證結(jié)果及每個分析多態(tài)性的詳細描述如圖S3所示。
 

基因解碼如何提高基因檢測和臨床治療的有效性

本基因解碼旨在分析不同侵襲性卵巢腫瘤中關(guān)鍵抑癌基因和致癌基因的遺傳變異。佳學基因檢測不僅評估了這些基因在大規(guī)模、特征明確的卵巢癌（OvCa）和卵巢癌旁組織（BOTS）患者隊列中的多態(tài)性狀態(tài)，還發(fā)現(xiàn)了這兩組腫瘤的預測和/或預后標志物，并分析了特定多態(tài)性對相應蛋白質(zhì)表達的影響。

出乎意料的是，佳學基因檢測對 44 個基因面板獲得的 NGS 結(jié)果顯示，與 BOT.V600E、低級別卵巢癌（lgOvCa）或高級別卵巢癌（hgOvCa）相比，BOT 中對相應蛋白質(zhì)的結(jié)構(gòu)和/或功能具有高度或中度或僅有中度影響的 SNP 數(shù)量更高。相反，當僅分析選定基因中的熱點時，BOT 中具有這些影響的 SNP 變體的頻率明顯低于兩個 OvCa 組。這種明顯的差異可以通過本基因解碼中調(diào)查的兩個面板包含不同的基因集來解釋。如本基因解碼所證明的，與其他腫瘤組（FANCB、SEM1、FANCA、BRCA2、CHEK2、MUTYH、RAD50）相比，BOT 中 44 個基因面板中突變更頻繁的基因列表比熱點面板（僅KRAS ）中類似改變的基因長得多。此外，熱點組的設計初衷是基因解碼眾所周知的基因變異。相比之下，44基因組覆蓋的基因組區(qū)域大約大10倍，能夠檢測出通常在診斷方法中被忽略的罕見遺傳變異。然而，當僅考慮對蛋白質(zhì)功能和/或結(jié)構(gòu)影響較大的多態(tài)性時，兩個組中鑒定出的遺傳變異數(shù)量在hgOvCa中最高，從而支持了關(guān)于卵巢癌的普遍認識。

TP53的突變狀態(tài)可被認為是區(qū)分 hgOvCa（ TP53頻繁突變）與 BOTS（無突變或非常罕見突變）和 lgOvCa（相對罕見突變）的最佳標記之一。與這些報告一致，TP53 是本基因解碼中最常見的變異基因之一，主要在高級別卵巢癌（hgOvCa）中。相比之下，除了在 低級別卵巢癌（lgOvCa）樣本中發(fā)現(xiàn)了兩個覆蓋率較低且影響較大的 SNP 外，佳學基因檢測在 低級別卵巢癌（lgOvCa）病例中未發(fā)現(xiàn)TP53變異。有趣的是，這些 SNP 僅在熱點面板中檢測到，利用了一種新穎的 NGS 雜交捕獲技術(shù)（稱為引物延伸靶向富集，KAPA HyperPETE，Roche），比 44 基因面板中使用的較舊的基于雜交的捕獲方法（KAPA HyperCap，Roche）提供了更好的測序覆蓋均勻性。至于 BOTS，本基因解碼發(fā)現(xiàn)的TP53中僅有的兩個錯義變體是在兩個粘液亞型的 BOT 樣本中觀察到的。鑒于 Kang 等人報道 19.4％ 的粘液 BOTS 中存在 TP53 突變，這與較高的復發(fā)風險相關(guān)，該結(jié)果也與當前的知識狀態(tài)相符。佳學基因檢測的兩名TP53突變攜帶 BOT 患者中始終有一名進展為 OvCa。值得注意的是，本文佳學基因檢測還通過觀察高影響非SNP變異樣本中TP53的缺失以及含有TP53錯義SNP的腫瘤中TP53的積累，在蛋白質(zhì)水平上驗證了TP53的NGS結(jié)果。這些結(jié)果與佳學基因檢測之前對TP53表達的免疫組織化學評估結(jié)果一致。

根據(jù)文獻，除了TP53的遺傳畸變外， BRCA1/2的突變在高級別卵巢癌（hgOvCa）中也很常見，而在 BOTS 和 低級別卵巢癌（lgOvCa）中很少見。佳學基因檢測使用 44 個基因面板獲得的結(jié)果似乎與文獻并不完全一致，因為佳學基因檢測在許多非高級別卵巢腫瘤中發(fā)現(xiàn)BRCA1/2基因變異。然而，需要強調(diào)的是，除了單個 BOT 中的一個 SNP 外，這些只是中等影響的變異。與高級別卵巢癌（hgOvCa）相比，這些變異解釋了BOT 中BRCA1/BRCA2中發(fā)現(xiàn)的遺傳變異數(shù)量顯著增加。然而，當只考慮高影響變異時，與所有其余腫瘤組相比， BRCA1（而不是BRCA2）在高級別卵巢癌（hgOvCa）中的改變頻率如預期的那樣更高。相比之下，在熱點組（僅集中于已確定的變異，而忽略了大多數(shù)基因解碼不足的基因變異）中，BOT 或 低級別卵巢癌（lgOvCa）中未發(fā)現(xiàn)具有高/中等影響的BRCA1多態(tài)性，而在一個 BOT.V600E 樣本中僅存在一個中等影響的變異。因此，當僅考慮BRCA1基因中常見的熱點時，佳學基因檢測的統(tǒng)計工作流程證實了與 BOT 相比，hgOvCa 中該基因序列變異普遍占優(yōu)勢這一事實。盡管如此，根據(jù)最近一項針對大型隊列（包含 1333 名 OvCa 患者和 152 名 BOTS 患者）進行的 NGS 基因解碼，高級別卵巢癌（hgOvCa）和 BOTS 中BRCA1/2突變的患病率相似（分別為 30.9% 和 28.9%）。因此，本文似乎證實了佳學基因檢測利用 44 個基因面板得出的結(jié)論，即如果應用高通量測序技術(shù)（不僅限于已知的熱點），則可以在 BOTS 中檢測到BRCA1中的大量遺傳變異。至于BRCA2 ，與BRCA1類似，與高級別卵巢癌（hgOvCa）相比，該基因的中等影響變異在 BOT 中占主導地位。相反，佳學基因檢測發(fā)現(xiàn)在所基因解碼的卵巢腫瘤組之間，高強度BRCA2多態(tài)性的頻率沒有差異。盡管如此，在本基因解碼中， BRCA2成為高級別卵巢癌（hgOvCa）中有希望的、有利的預測和預后標志物。BRCA2序列變異的存在改善了患者的 OS、CR 和 PS，尤其是在沒有 TP53 積累的腫瘤中。雖然考慮到該基因的腫瘤抑制能力，這種結(jié)果可能看起來很奇怪，但早些時候在小細胞肺癌中也觀察到了類似的現(xiàn)象，其中引用的基因解碼的作者報告了BRCA2突變的發(fā)生與腫瘤對化療的更高敏感性之間的聯(lián)系。與這些結(jié)果一致，體外獲得的數(shù)據(jù)也為 BRCA 缺陷腫瘤對鉑類藥物的反應更好提供了強有力的證據(jù)，體外基因解碼進一步證實了這一點，其中BRCA突變攜帶者在接受鉑類藥物治療后表現(xiàn)出更好的生存期和更長的無病間隔。由于 BRCA1/BRCA2 蛋白負責修復雙鏈 DNA 斷裂 (DSB)，BRCA2中致病變異的存在會導致其蛋白產(chǎn)物活性受損，從而增加腫瘤細胞中發(fā)生 DSB 的風險。如果這樣的細胞表達功能性 TP53（未觀察到 TP53 積累），則會誘導細胞凋亡，從而改善鉑類治療的效果，如本文所示。

至于低侵襲性卵巢腫瘤的基因變異特征，與高級別卵巢癌（hgOvCa）相比，BOTS 和 低級別卵巢癌（lgOvCa）中多態(tài)性數(shù)量最多的基因是KRAS、BRAF和NRAS，這與科學文獻 。鑒于攜帶BRAF V600E 變異的 BOTS 患者比未攜帶該變異的患者年輕得多，因此本文對這兩組腫瘤分別進行了分析。有趣的是， BOT 和 低級別卵巢癌（lgOvCa）中KRAS的突變頻率高于 BOT.V600E 或 hgOvCa，而 低級別卵巢癌（lgOvCa）和 BOT 中KRAS變異的頻率相當。這證實了這兩組腫瘤之間的分子相似性。同時，這一結(jié)果還表明，在缺乏BRAF V600E 變異（這是該基因最常見的多態(tài)性，本基因解碼中約 72% 的BRAF缺陷型腫瘤中發(fā)現(xiàn)）的 BOTS 中存在 KRAS 激活突變。KRAS 依賴的致癌機制主要取決于該基因 Gly12 (G12) 編碼區(qū)的突變，在佳學基因檢測的基因解碼中，這種突變在 BOT 和 低級別卵巢癌（lgOvCa）中都占主導地位。相比之下，佳學基因檢測在少數(shù)高級別卵巢癌（hgOvCa）腫瘤中發(fā)現(xiàn)的KRAS多態(tài)性均不影響 Gly12。此外，值得一提的是，佳學基因檢測所有三個具有除 V600E 之外的BRAF變異（即 K601E、G466R 和 G466V）的 BOT 病例都同時含有KRAS G12 變異。這表明，在所有BRAF多態(tài)性中，只有BRAF V600E 具有足夠強的促癌作用，可以獨立于KRAS突變發(fā)揮作用。至于NRAS變異體，它們的流行程度將 低級別卵巢癌（lgOvCa）與佳學基因檢測基因解碼中調(diào)查的所有其他腫瘤組區(qū)分開來。這一結(jié)果支持了其他人的發(fā)現(xiàn)，即NRAS突變存在于漿液性 低級別卵巢癌（lgOvCa）中，但在漿液性 BOTS 中沒有或很少 。與KRAS中的激活突變類似， NRAS中的對應突變也會加速腫瘤進展。此外，在復發(fā)性漿液性 低級別卵巢癌（lgOvCa）中也發(fā)現(xiàn)了此類變異體。在此背景下，值得一提的是，佳學基因檢測的一個具有微浸潤的漿液性 BOT 樣本含有 NRAS 激活變異體 (p.Gln61Arg) ，這在佳學基因檢測的 低級別卵巢癌（lgOvCa）組中也最常發(fā)生。BOT 樣本中存在這種突變，不僅進一步證實了 BOT 與 低級別卵巢癌（lgOvCa）之間的分子相似性，而且還意味著如果沒有完全切除，這種 BOT 腫瘤可能會轉(zhuǎn)變并復發(fā)為 lgOvCa。根據(jù)文獻，在晚期卵巢癌中，NRAS突變很少見。佳學基因檢測在高級別卵巢癌（hgOvCa）系列中始終沒有發(fā)現(xiàn)此類基因改變。值得注意的是，在其他人類惡性腫瘤（例如結(jié)直腸癌和子宮內(nèi)膜癌）中也有報道發(fā)現(xiàn)KRAS、NRAS和BRAF基因突變。

編碼參與泛素化的蛋白質(zhì)的基因在 BOT 中也更頻繁地發(fā)生改變，并將這些腫瘤與 OvCa 區(qū)分開來（但與 BOT.V600E 無區(qū)別）。其中一個基因SEM1編碼 26S 蛋白酶體亞基，在所有腫瘤組中都經(jīng)常發(fā)生改變。盡管在所有腫瘤組中發(fā)現(xiàn)的最常見變體 p.Gln59Pro 在人類群體中廣泛存在（最大等位基因頻率 (AF max ) 為 0.88）；但 BOT 中SEM1變體的總數(shù)明顯高于 低級別卵巢癌（lgOvCa）或 hgOvCa。目前，還沒有關(guān)于這種多態(tài)性在腫瘤中的作用的科學報告。第二個基因FANCB編碼的是 FANCD2 泛素化所必需的 DNA 修復相關(guān)蛋白質(zhì)，關(guān)于 OvCa 的文獻數(shù)據(jù)很少，而其在 BOTS 中的功能迄今尚未基因解碼。FANCB錯義突變已被證明會導致催化模塊不穩(wěn)定和范康尼貧血 (FA) 核心復合物功能障礙。相比之下，F(xiàn)ANCB 3′UTR中的 SNP不會影響蛋白質(zhì)的表達或功能。鑒于佳學基因檢測基因解碼中發(fā)現(xiàn)的所有FANCB多態(tài)性都位于基因的編碼序列中，它們的出現(xiàn)可能會損害 FANCB 功能，如上述基因解碼所證實。有趣的是，根據(jù)目前的知識水平，F(xiàn)ANCB在癌癥中的作用似乎存在分歧。一方面，在遺傳性乳腺癌/卵巢癌中未發(fā)現(xiàn)該基因突變，也未證明FANCB與BRCA1/2陰性家族性癌癥的發(fā)展之間有任何關(guān)聯(lián)。另一方面，Matta等人揭示了在DNA修復能力下降的老年患者中， FANCB的表達與乳腺癌之間的關(guān)系。在此背景下，佳學基因檢測的基因解碼結(jié)果似乎為FANCB的臨床重要性提供了新的見解，表明該基因在BOTS中可能比在OvCa中發(fā)揮更重要的作用。

佳學基因檢測的回歸分析顯示， PARP1基因變異是 BOTS 預后不良的標志。該基因編碼一種由 DNA 損傷激活的蛋白質(zhì)，調(diào)節(jié)包括 TP53 在內(nèi)的許多腫瘤抑制因子的功能。文獻中關(guān)于PARP1在 BOTS 中的作用的數(shù)據(jù)有限；然而，其在 OvCa 中的意義已被深入基因解碼。因此，PARP 抑制劑已被批準用于復發(fā)性鉑敏感的BRCA1 / 2缺陷型 OvCa的維持治療。然而，較新的數(shù)據(jù)顯示，除了BRCA1/2突變患者外，其他腫瘤也具有治療益處。值得注意的是，在本文分析的所有腫瘤組中最常見的PAPR1多態(tài)性 p.Val762Ala 與導致對 PARP 抑制劑之一奧拉帕尼產(chǎn)生耐藥性的多態(tài)性不同。盡管 p.Val762Ala 變異在人類中占主導地位（AF最大值約為 45%），但此前已發(fā)現(xiàn)該變異與多種癌癥相關(guān)，包括膽囊癌。同樣的多態(tài)性也增加了沙特和亞洲人群患乳腺癌的風險，同時降低了白種人患乳腺癌的風險。有趣的是，盡管其他科學家報告稱漿液性 OvCa 中的PARP1表達高于 BOTS，但在佳學基因檢測的高級別卵巢癌（hgOvCa）系列中，該基因的改變頻率既沒有更高，也沒有被確定為潛在的生物標志物。

本文將另外兩個編碼參與 FA 通路的蛋白質(zhì)的基因 FANCF 和 FANCI 的多態(tài)性確定為高級別卵巢癌（hgOvCa）中有希望的結(jié)果預測因子。值得注意的是，根據(jù) AUC 值評估，F(xiàn)ANCI中的變異表現(xiàn)出明顯優(yōu)于FANCF中的變異的判別能力。FANCI 蛋白與 FANCD2 形成異二聚體，隨后被 FA 核心復合物單泛素化。這種異二聚體定位到受損的染色質(zhì)并促進鏈間交聯(lián)修復。在佳學基因檢測的分析中， FANCI基因變異的存在增加了接受 TP 治療但腫瘤缺乏 TP53 積累的患者的復發(fā)風險。當考慮文獻數(shù)據(jù)時， FANCI的作用似乎不明確，因為據(jù)報道該基因既具有致癌作用，又具有抑癌作用。此外，F(xiàn)ANCI最近被認為是FANCI p.Leu605Phe 變異攜帶者的一種新的卵巢癌易感基因，事實證明，在BRCA1/2基因正常的卵巢癌易感家族中，這種基因的頻率明顯較高。體外基因解碼表明，F(xiàn)ANCI 的 Leu605Phe 異構(gòu)體表達水平降低，并導致 HeLa 和卵巢癌細胞對順鉑敏感，但對 PARP 抑制劑不敏感。與此一致的是，佳學基因檢測的 WB 分析顯示，攜帶FANCI p.Leu605Phe 變異和BRCA1/2基因正常的腫瘤不表達突變的 FANCI，而在BRCA1/2缺陷型腫瘤中檢測到了 FANCI 表達。此外，相同的 WB 分析揭示了 FANCI 和 FANCD2 蛋白表達之間的相關(guān)性。所有這些結(jié)果清楚地表明， FANCI的作用取決于細胞中由關(guān)鍵腫瘤抑制因子（例如 BRCA1/2 和 TP53）控制的分子背景。

佳學基因檢測最后一個值得討論的結(jié)果是關(guān)于CHEK1 的無義變體 (chr11:g.125625996G>A, p.Trp79Ter)，佳學基因檢測觀察到 CHEK1 蛋白的意外高表達。有趣的是，這兩種分子現(xiàn)象似乎呈正相關(guān)（變異等位基因的比例越高，膜上 CHEK1 的信號越強）。該 SNP 位于CHEK1的第一個外顯子/5'UTR 區(qū)域。如果考慮 CHEK1 的最長異構(gòu)體 ( XP_011540862.1 )，則討論的多態(tài)性會導致提前終止密碼子的形成。在這種情況下，使用位于新形成的終止密碼子下游的替代起始密碼子，不僅可以恢復 CHEK1 以較短異構(gòu)體的形式表達，還會同時影響其在細胞中的水平。文獻一致表明，短的 CHEK1 異構(gòu)體可能由于選擇性剪接或蛋白質(zhì)裂解而出現(xiàn)。CHEK1 在腫瘤發(fā)生中的作用尚不明確。最初，由于 CHEK1 在 DNA 損傷反應和細胞周期檢查點反應中發(fā)揮作用，它被認為是一種抑癌基因。然而，并未發(fā)現(xiàn)人類癌癥中存在純合CHEK1功能喪失突變體的證據(jù)。此外， CHEK1基因在多種實體瘤中過表達，其表達與腫瘤分級和疾病復發(fā)相關(guān)。與這些發(fā)現(xiàn)一致的是， CHEK1的完全缺失會抑制化學誘導的致癌作用，而CHEK1水平升高的腫瘤細胞可能由于能夠抵抗化療引起的 DNA 損傷而獲得生存優(yōu)勢。因此，據(jù)報道，在膀胱癌、腦癌、肺癌、卵巢癌和乳腺癌中，CHEK1高表達患者的生存率較低。雖然佳學基因檢測的基因解碼結(jié)果未能闡明 CHEK1 在卵巢腫瘤中的作用機制究竟更像致癌基因還是抑癌基因，但進一步基因解碼其變異體似乎對利用選擇性 CHEK1 抑制劑 Prexasertib 進行靶向治療具有重要意義。Prexasertib 單藥或與 PARP 抑制劑聯(lián)合使用，均可促進腫瘤消退并延長高級別卵巢癌（hgOvCa）患者的生存期。由于PARP1多態(tài)性已被確定為此類腫瘤的負面預后標志物，且部分 BOTS 也含有上述CHEK1 p.Trp79Ter 變異體，因此此類抑制劑組合可能對 BOTS 具有潛在應用價值。

最后，與每項基因解碼一樣，本基因解碼也存在一些局限性，應該在此提及。盡管佳學基因檢測設法識別出許多遺傳變異，但由于財務和時間方面的限制，佳學基因檢測僅對這些多態(tài)性的一小部分進行了功能驗證。因此，列出的許多已識別變異的臨床意義仍不清楚，應在未來的基因解碼中予以解決。此外，需要強調(diào)的是，在佳學基因檢測的生物信息學工作流程中，所有頻率低于 10% 的序列變異都被過濾掉了。這種方法被用來降低假陽性率，然而，假設一些罕見的、具有臨床重要性的多態(tài)性也被排除在分析之外。下一個值得一提的局限性在于佳學基因檢測分析了大量腫瘤樣本，而這些樣本只是整個腫瘤微環(huán)境的一部分，由于本基因解碼中采用的實驗裝置的限制，可能無法完全捕捉到其復雜性和異質(zhì)性。此外，就腫瘤的復雜性和異質(zhì)性而言，佳學基因檢測注意到，在佳學基因檢測的蛋白質(zhì)印跡實驗中，在同一凝膠上分析的不同 OvCa 樣本的裂解物時，上樣對照有時會有所不同。這種不一致不是由實驗室錯誤或不精確造成的，而是與卵巢腫瘤的巨大生物多樣性有關(guān)，尤其是高級別 OvCa，這是由此類惡性腫瘤的基因組和蛋白質(zhì)組不穩(wěn)定性造成的。在本基因解碼中，為了減少得出錯誤結(jié)論的風險，所有蛋白質(zhì)裂解物的濃度不僅通過麗春紅 S 染色評估，而且還用 BCA 方法和牛血清白蛋白 (BSA) 標準曲線精確測量和標準化。最后，本基因解碼是在一組回顧性（而非前瞻性）患者中進行的，這些患者收集了 20 年，進行了細致的隨訪，并仔細檢查了所有臨床病理參數(shù)的兼容性。這種方法雖然被廣泛使用，但可能會引入一些難以定義的偏見，并限制控制潛在混雜因素的能力。