【佳學基因檢測】用于未加分類的原發(fā)性癌癥診斷和治療的新基因檢測技術(shù)

不能明確根據(jù)組織起源分類的癌癥基因檢測導讀：

NGS 和其他分子技術(shù)為有效治療 腫瘤類型未知的原發(fā)性癌癥 患者創(chuàng)造了巨大希望，并選擇他們進行分子靶向療法（不可知療法）和免疫療法。診斷技術(shù)和生物靶向療法的發(fā)展可以使 腫瘤類型未知的原發(fā)性癌癥 的患者獲得現(xiàn)代療法并改變他們的結(jié)果。

不能明確根據(jù)組織起源分類的癌癥基因檢測簡介

未知原發(fā)性癌癥 (CUP) 是一種罕見的異質(zhì)性腫瘤，其中存在一個或多個轉(zhuǎn)移，但原發(fā)部位的位置未知。使用免疫組織化學對此類轉(zhuǎn)移性材料進行病理學診斷具有一很大的困難，并且通常無法確定起源組織 (ToO)。對腫瘤類型未知的原發(fā)性癌癥患者進行全身治療的方案選擇通常基于經(jīng)驗，預后一般較差。新的分子基因檢不則技術(shù)可以識別起源組織，并用于在具有特定分子異常的各種惡性腫瘤中選擇曾經(jīng)是未曾得知的療法。可以使用各種分子測定來鑒定癌細胞中的可進行靶向藥物治療驅(qū)動突變或基因重排，其中特別有價值的是下一代測序技術(shù)。這些基因檢測可以識別腫瘤來源并允許個性化治療。然而，目前的 腫瘤類型未知的原發(fā)性癌癥 管理指南不建議對基因表達和表觀基因因素進行常規(guī)檢測。這主要是由于沒有足夠的證據(jù)支持通過這種方法改善 未明確分類的原發(fā)性癌癥 的預后。用于未加分類的原發(fā)性癌癥診斷和治療的新基因檢測技術(shù)總結(jié)了新基因技術(shù)在 未明確分類的原發(fā)性腫瘤 診斷中的優(yōu)缺點，并提出了更新 腫瘤類型未知的原發(fā)性癌癥 管理的建議。

未明確起源組織的腫瘤基因檢測關(guān)鍵詞

未知起源,原發(fā)性癌癥,分子靶向治療,組織不可知藥物,正確醫(yī)學,二代測序

1.未明確起源組織的腫瘤的診斷與治療

未知原發(fā)性癌癥（未明確分類的原發(fā)性癌癥；以前定義為來源不明的惡性腫瘤）代表一種異質(zhì)性臨床疾病，其中存在一個或多個轉(zhuǎn)移，但原發(fā)部位的位置未知。這可能是由于原發(fā)性腫瘤消退（例如，黑色素瘤）或可用的成像方法無法檢測到腫瘤（例如，乳腺癌或肺癌）。事實上，一些惡性腫瘤（例如，乳腺癌、胰腺癌和黑色素瘤）會產(chǎn)生早期遠處轉(zhuǎn)移，這些轉(zhuǎn)移可以在原發(fā)腫瘤被診斷之前檢測到。由于特異性低，轉(zhuǎn)移性物質(zhì)的免疫組織化學通常提供提示，并且僅在少數(shù)情況下（例如，對于結(jié)腸樣 腫瘤類型未知的原發(fā)性癌癥）顯示明確的診斷。同樣，RNA 的質(zhì)量和數(shù)量較差，經(jīng)常妨礙使用基于 RNA 的分子技術(shù)確定組織起源 (ToO)。賊常診斷的 未明確分類的原發(fā)性腫瘤 包括腺癌和低分化或未分化腫瘤，以及較少見的鱗狀細胞癌和神經(jīng)內(nèi)分泌癌。在尸檢系列中，賊常見的未明確分類的原發(fā)性癌癥起源器官是肺癌和胰腺癌，而基于分子的檢測顯示結(jié)直腸癌的發(fā)生率更高。多年來，所有癌癥診斷的未明確分類的原發(fā)性腫瘤 檢出率一直保持在 3% 左右，這表明自該疾病狀況被注意到以來，檢測技術(shù)沒有發(fā)生顯著改進。

腫瘤類型未知的原發(fā)性癌癥 患者的預后通常是不利的，因為惡性腫瘤根據(jù)定義是轉(zhuǎn)移性的。此外，很難選擇合適的全身治療來匹配特定類型的癌癥。因此，識別組織起源的分子診斷可以為治療選擇提供信息。首先，此類診斷增加了建立 組織來源 的可能性（基于原發(fā)性和轉(zhuǎn)移性腫瘤的分子相似性）。其次，診斷識別基因變化，這可能會識別患者進行分子定制的全身治療。然而，目前的 未明確分類的原發(fā)性癌癥 診斷和治療指南不建議對基因表達和表觀遺傳因素進行常規(guī)檢測，主要是因為支持其臨床益處的證據(jù)不足。事實上，兩項前瞻性隨機試驗比較了經(jīng)驗性化療和由綜合分子基因表達分析指導的定制治療，未能顯示后一種方法改善了臨床結(jié)果。此外，基因檢測可能僅識別出攻擊性 腫瘤類型未知的原發(fā)性癌癥 行為，但不允許選擇適當?shù)闹委煼椒?。常見的遺傳、表觀遺傳和免疫因素可能通過增強免疫系統(tǒng)來抑制原發(fā)性腫瘤增殖，但同時有助于刺激轉(zhuǎn)移性生長 發(fā)生組織。未明確分類的原發(fā)性腫瘤 細胞的特征包括磷酸肌醇 3-激酶和絲裂原活化蛋白激酶信號通路的激活、顯著的 DNA 損傷和 DNA 修復酶的低表達。

使用轉(zhuǎn)移性腫瘤活檢材料或液體活檢（通常涉及外周血）進行 未明確分類的原發(fā)性癌癥 的分子檢測。液體活檢材料似乎是研究 腫瘤類型未知的原發(fā)性癌癥 的起源和分子譜的理想選擇，特別是當轉(zhuǎn)移性腫瘤位于難以到達的區(qū)域時。此外，液體活檢代表了所有腫瘤病灶的分子特征，從而有助于識別發(fā)生癌癥的器官。然而，液體活檢的局限性在于其敏感性不足，特別是在患有寡轉(zhuǎn)移性疾病的患者中。在這些情況下，循環(huán)腫瘤 DNA (ctDNA) 和 mRNA 的量可能太低，無法進行高效的基因檢測。研究游離循環(huán)腫瘤細胞 (CTC) 的基因物質(zhì)更具挑戰(zhàn)性 。

2. 用于建立 組織來源 的分子測試

目前，有關(guān)癌癥治療的決定是基于病理診斷，否則治療策略會受到很大限制，并且通常不可能獲得創(chuàng)新療法。然而，隨著靶向治療的快速發(fā)展，基于分子腫瘤特征的治療可能更可取。腫瘤類型未知的原發(fā)性癌癥 中使用多種基因方法來定義 組織來源。這些包括通過微陣列或逆轉(zhuǎn)錄聚合酶鏈反應 (RT-PCR) 確定 mRNA 水平的多基因表達和 microRNA 表達，以及通過甲基化特異性 PCR (MS-PCR) 進行 DNA 甲基化測試。此外，PCR、RT-PCR 和熒光原位雜交可用于確定癌細胞或 ctDNA 中是否存在驅(qū)動突變和基因重排。所有這些異常都可以通過下一代測序 (NGS) 技術(shù)同時研究。用于識別 未明確分類的原發(fā)性癌癥 中 組織來源 的分子檢測方法及其與臨床和（免疫）組織學診斷的一致性總結(jié)在表1發(fā)生組織。然而，應謹慎考慮呈現(xiàn)的百分比，因為它們?nèi)狈M織來源預測的交叉驗證以及通過臨床和免疫組織學合理性進行的復核。盡管 未明確分類的原發(fā)性腫瘤 的分子診斷是有希望的，但目前在缺乏免疫組織化學檢測材料的情況下，尚無強有力的證據(jù)表明通過液體活檢進行組織來源鑒定。此外，還沒有臨床試驗證明個性化治療比經(jīng)驗性化療對 腫瘤類型未知的原發(fā)性癌癥 患者的療效更高 發(fā)生組織。

表格1：用于識別 未明確分類的原發(fā)性癌癥 中起源組織 (ToO) 的分子檢測方法 發(fā)生組織

識別發(fā)生組織位置的早期基因方法具有 60-95% 的正確度。分子圖譜可以高概率區(qū)分幾種腫瘤類型，包括非小細胞肺癌 (NSCLC)、結(jié)直腸癌、卵巢癌、胰腺癌、乳腺癌、腎癌、尿路癌、鱗狀細胞癌頭頸部、胸膜間皮瘤、膽道癌、膽管癌和肝細胞癌。然而，如果沒有對原發(fā)病變進行病理學確認，這些診斷就無法確定。在確定低分化癌癥和需要多重抗原染色的癌癥的原發(fā)灶位置方面，基因表達譜顯示比免疫組織化學更高的正確性。對 ctDNA 中選定基因的啟動子區(qū)域進行甲基化測試可以將肺癌和結(jié)直腸癌患者與健康個體區(qū)分開來——敏感性分別為 83% 和 89%——但對胰腺癌的敏感性較低（低于 50%）。目前的 未明確分類的原發(fā)性腫瘤 診斷和治療指南不推薦常規(guī)基因表達和甲基化檢測，因為沒有證據(jù)表明建立組織起源可以改善 未明確分類的原發(fā)性癌癥 的預后。

將 NGS 技術(shù)引入癌癥診斷為個性化靶向治療和免疫治療提供了先進的檢測目標。用于確定組織來源的 NGS 技術(shù)的前身是 CancerSEEK 測試，該測試使用多重 PCR 和液體活檢 。在一項涉及 626 名患有各種癌癥（卵巢癌、肺癌、肝癌、胃癌、胰腺癌、乳腺癌和結(jié)腸直腸癌）的患者和 812 名健康個體的研究中，CancerSEEK 以 69% 和 98% 之間的敏感性區(qū)分癌癥受試者和健康受試者，具體取決于關(guān)于癌癥的類型。這些結(jié)果在前瞻性 DETECT A 研究中得到驗證，該研究包括 10,000 多名以前不知道患有癌癥的女性 發(fā)生組織。CancerSEEK 以低敏感性 (27%) 識別出無癥狀的早期癌癥，但特異性高達 99%。作者得出結(jié)論，通過同時使用基因檢測和影像學研究（在本例中為 PET-CT），可以在早期無癥狀階段檢測癌癥。

使用 NGS 測試多個基因、microRNA 和 DNA 突變的表達比使用 RT-PCR、微陣列或多重 PCR 技術(shù)測試更有效、更正確和更靈敏。然而，用于 未明確分類的原發(fā)性癌癥 診斷的 NGS 的主要優(yōu)勢是可以同時檢查（在單個反應中）循環(huán)游離 DNA (cfDNA) 和 mRNA 或腫瘤細胞中的多個基因突變和基因重排 發(fā)生組織。使用 NGS 技術(shù)的三組主要測試包括全基因組測序 (WGS)、所有編碼序列的全外顯子組測序，以及基因組中選定熱點的測序——即具有關(guān)鍵和賊常見基因突變的位點。綜合基因組分析 [CGP]) 。CGP 越來越多地用于臨床實踐。

分子靶向治療的患者選擇需要識別潛在的可操作體細胞突變或基因重排（賊常見于癌基因）。評估腫瘤突變負荷 (TMB) 和微衛(wèi)星不穩(wěn)定性 (MSI) 水平也很重要。在大多數(shù)情況下，通常同時檢測 300 多個基因的 NGS panel 滿足這些要求。首批評估 NGS 在區(qū)分癌癥患者和健康個體方面正確性的研究之一使用了 cfDNA 和白細胞中 507 個基因的配對測序、用于拷貝數(shù)變異的 WGS 和用于甲基化的 cfDNA WGS，涉及 749 名健康人和 878 名患者在各種癌癥的早期（I-III）。NGS 的敏感性在 60% 到 90% 之間變化，具體取決于癌癥類型 發(fā)生組織。

NGS 檢測到的一些基因異常僅適用于一種癌癥。其他的發(fā)生在多種腫瘤類型中，但頻率不同。賊常見的基因異常是KRAS基因突變，它發(fā)生在約50% 的結(jié)直腸癌和30 % 的非小細胞肺癌、胰腺癌和甲狀腺癌中。BRAF基因的突變在黑色素瘤（50%）中相對常見，但在結(jié)直腸癌（5%）和非小細胞肺癌（1.5%）中很少見。因此，測試KRAS和BRAF基因在識別組織起源方面的價值有限。其他基因異常很少見，但發(fā)生在兒童和成人的幾種惡性腫瘤中 。此類疾病的例子是NTRK1、NTRK2和NTRK3基因重排——可能存在于各種癌癥類型中，包括 NSCLC、結(jié)腸癌和直腸癌。

研究NTRK基因重排對于識別罕見的癌癥特別重要，這些癌癥更常見的是這種異常。例如，超過 75% 的分泌性唾液腺癌和分泌性乳腺癌攜帶這些異常。NTRK基因重排在胃腸道間質(zhì)瘤、甲狀腺癌和一些罕見的兒童和青少年惡性腫瘤中也相對常見，例如纖維肉瘤（>75%）、斯皮茨痣（5-75%）和先天性中胚層腎瘤（5-75%） ) 。賊后一組基因異常是僅針對一種癌癥的變化。例如，在 cfDNA 或來自轉(zhuǎn)移部位的腫瘤細胞中檢測到 18-21 外顯子的 EGFR 基因突變以與病理檢查相同的概率確認 NSCLC 診斷（表 2) 。

表 2：對具有明確基因異常的成年癌癥患者（NSCLC、非小細胞肺癌；GIST、胃腸道間質(zhì)瘤）賊重要的個性化治療。

3. 未明確分類的原發(fā)性癌癥 患者治療選擇的分子檢測

3.1 化療方案的選擇

先進個使用基因組分析的實驗（主要通過微陣列技術(shù)評估 mRNA 表達和通過 MS-PCR 評估 DNA 甲基化）旨在識別涉及化學敏感和化學抗性腫瘤的 未明確分類的原發(fā)性腫瘤 患者 發(fā)生組織。在實驗之前，2013 年，Hainsworth 等人。確定了 252 名 腫瘤類型未知的原發(fā)性癌癥 患者中 92 個基因的表達，這使得治療個性化成為可能。在實驗中根據(jù)基因檢測選擇接受治療（主要是化療）的患者的中位總生存期 (OS) 為 12.5 個月，而未進行分子診斷的患者為 9-10 個月 發(fā)生組織。使用分子譜確定的化療敏感組和化療耐藥組的中位 OS 分別為 13.4 個月和 7.6 個月。Yoon 等人的第 2 階段研究。評估了使用基于 2000 個基因表達微陣列的檢測的基因表達譜是否可以識別腫瘤起源并預測對 mTORC1 抑制劑的反應——依維莫司聯(lián)合卡鉑和依托泊苷，這是一種常規(guī)用于 未明確分類的原發(fā)性癌癥 患者的廣譜化療方案。表達譜鑒定了常規(guī)使用鉑/紫杉烷方案的腫瘤（NSCLC、膀胱癌、乳腺癌和卵巢癌）和鉑耐藥的腫瘤（肝細胞癌、結(jié)直腸癌和胰腺癌）。先進組的中位無進展生存期和 OS 分別為 6.4 和 17.8 個月，第二組分別為 3.5 和 8.3 個月。另一項研究表明，具有結(jié)直腸亞型癌癥分子特征的 腫瘤類型未知的原發(fā)性癌癥 患者在接受該惡性腫瘤治療后的中位 OS 為 24 個月，與組織病理學證實的晚期結(jié)直腸癌患者相似。這反映在 2015 年歐洲腫瘤內(nèi)科學會關(guān)于具有結(jié)直腸癌分子亞型的 腫瘤類型未知的原發(fā)性癌癥 的治療建議中 發(fā)生組織。這些研究中賊大的一項表明，不同基因的啟動子區(qū)域的甲基化允許組織起源識別，靈敏度為 99.6%，特異性為 97.7% 發(fā)生組織。值得注意的是，與腫瘤類型相匹配的治療導致中位 OS 為 13.6 個月，而接受經(jīng)驗性治療的患者為 6.0 個月 發(fā)生組織。然而，在這項研究中，具有不同甲基化基因狀態(tài)的患者并未被隨機分配到研究組，觀察結(jié)果可能并不有效高效。

3.2. 靶向治療和免疫治療的選擇

NGS 技術(shù)的引入有效改變了個性化癌癥治療的可能性。無論癌癥類型如何，特定基因異常的存在決定了分子靶向治療的有效性。組織不可知論療法的概念假定治療是根據(jù)其分子和免疫學特征選擇抗癌藥物，而不管它們的類型和來源。此類療法可以使用相同的藥物來治療所有類型的癌癥，并使用相同的生物標志物來進行治療選擇。與組織無關(guān)的藥物越來越多地用于各種惡性腫瘤。癌基因中驅(qū)動突變的發(fā)生導致異常的蛋白質(zhì)信號通路——現(xiàn)在可以用小分子化合物阻斷，賊常見的是酪氨酸和絲氨酸/蘇氨酸激酶抑制劑。反過來，與致癌物活性和 DNA 修復缺陷（例如，由于高 MSI）相關(guān)的高 TMB 水平導致腫瘤細胞的免疫原性增加。針對免疫檢查點抑制劑的免疫療法對此類患者特別有效。

NGS 技術(shù)和不可知療法的使用為 未明確分類的原發(fā)性癌癥 患者的有效治療創(chuàng)造了巨大希望。然而，在許多國家，基于已識別的基因異常而非病理診斷，使用靶向化合物治療癌癥患者，這種選擇是不允許的。只有兩種NTRK抑制劑（larotrectinib 和 entrectinib）在歐盟使用基因檢測進行注冊。反過來，在美國，與組織無關(guān)的藥物已經(jīng)獲得了針對各種實體瘤的多項注冊 發(fā)生組織。2020 年，美國食品藥品監(jiān)督管理局 (FDA) 批準了進步 NGS 檢測來選擇患者進行分子靶向治療 。這是 FoundationOne 伴隨診斷 CDx 分析，評估 324 個基因，包括剪接 MET 突變（對于 MET 抑制劑——tepotinib 和 capmatinib）、NTRK 重排（對于NTRK抑制劑——larotrectinib 和 entrectinib）和RET重排（對于RET抑制劑——selpercatinib 和 pralsetinib） ，以及液體活檢材料和癌組織中的 TMB、MSI 和 DNA 錯配修復缺陷。Pembrolizumab 是 FDA 注冊的先進個免疫治療藥物，用于治療具有高 TMB 的實體瘤，無論病理診斷如何。在 28% 的 腫瘤類型未知的原發(fā)性癌癥 病例中報告了高 TMB、MSI 或 PD-L1 表達，并且由于派姆單抗 [ 55 , 56 ,57 ]。對于具有明確基因突變的患者，賊重要的個性化治療方案列于表 2。

一項薈萃分析評估了 15 篇出版物，其中包括 11 項 NGS 基因組分析研究，1806 名 腫瘤類型未知的原發(fā)性癌癥 患者中有 85% 有至少一個分子改變，賊常見于TP53 (42%)、KRAS (19%)、PIK3CA (9.3 %) 和CDKN2A (8.8%) 基因。47% 的患者有基因突變，這可能成為在美國或歐盟注冊的分子療法的目標或在臨床試驗中進行調(diào)查。然而，這個值可能被高估了，因為在臨床試驗中某些分子異常的存在與靶向治療的有效性之間沒有明確的關(guān)系。包含在薈萃分析中的賊大研究之一在 442 名 未明確分類的原發(fā)性癌癥 患者中使用了 ctDNA 中的熱點測序（超過 70 個基因）發(fā)生組織。66%的患者發(fā)現(xiàn)基因異常，其中賊常受影響的是TP53（37%）、KRAS（19%）、PIK3CA（15%）、BRAF（7.5%）和MYC(7.5%) 基因。尚未針對TP53抑制基因中賊常見的癌癥突變開發(fā)靶向治療。

一項正在進行的 II 期試驗——腫瘤類型未知的原發(fā)性癌癥ISCO ( NCT03498521 )——正在比較分子靶向治療和免疫治療（由使用 NGS 的綜合基因組分析指導）與標準鉑類化療對先前接受過三個誘導周期的 腫瘤類型未知的原發(fā)性癌癥 患者的療效和安全性鉑類化療 。該研究預計將于 2022 年結(jié)束，將包括 790 名 腫瘤類型未知的原發(fā)性癌癥 患者。組織和/或液體活檢材料經(jīng)過 FoundationOne CGP 測試。對誘導化療有反應的患者以 3:1 的比例隨機分配到接受基于分子譜的治療組和繼續(xù)化療組。誘導化療后病情進展的患者并非隨機分組，可能直接符合個性化治療的條件 。選擇用于分子靶向治療和免疫治療的基因突變包括EGFR、BRCA1/2、HER2、PTCH1和BRAF基因；ALK、ROS1、NTRK1/2/3和RET基因重排；PIK3CA、PTEN和AKT1/2/3基因缺失；TMB；和MSI 。主要終點是無進展生存期，次要終點是 OS、對治療的反應和臨床獲益的持續(xù)時間。對于每位患者，個性化治療的資格由一個由醫(yī)生和診斷專家組成的多專業(yè)團隊組成的分子腫瘤委員會確定。此類團隊現(xiàn)已在許多臨床中心實施，以指導正確醫(yī)療 。未明確分類的原發(fā)性癌癥ISCO 試驗計劃于 2023 年 6 月發(fā)布。

相反，不同類型癌癥的相同基因異?？赡軟Q定分子靶向治療的不同療效。例如，BRAF基因 V600 突變的黑色素瘤對所有已注冊的BRAF抑制劑（威羅非尼、達拉非尼和恩科拉非尼）和 MEK（曲美替尼、考比替尼和比美替尼）都有反應。只有達拉非尼和曲美替尼用于BRAF突變的NSCLC 和恩科拉非尼聯(lián)合西妥昔單抗（一種抗 EGFR 抗體）用于BRAF突變的結(jié)直腸癌。因此，不可知療法的使用可能會受到個體藥物對攜帶相同基因異常的不同腫瘤類型患者療效差異的限制。

3.3. 分子檢測在 腫瘤類型未知的原發(fā)性癌癥 診斷中的局限性

由于缺乏大型隨機臨床試驗的高效結(jié)果，臨床上 腫瘤類型未知的原發(fā)性癌癥 分子診斷的實施受到限制。因此，關(guān)于 未明確分類的原發(fā)性癌癥 患者的診斷和治療管理的國際建議很少。此外，歐洲醫(yī)學腫瘤學會的建議可以追溯到 2015 年，西班牙的建議可以追溯到 2018 年；只有國家綜合癌癥網(wǎng)絡 (NCCN) 的建議是相對較新的。這是由于幾個原因。首先，原發(fā)腫瘤的有效緩解、延長的生存期和遠處轉(zhuǎn)移的生長表明 腫瘤類型未知的原發(fā)性癌癥 的臨床和分子異質(zhì)性很高。在這種情況下，制定統(tǒng)一的診斷和治療標準具有挑戰(zhàn)性。另一個問題是從轉(zhuǎn)移病灶進入腫瘤組織的途徑有限。它可能非常稀缺（例如，當需要細針活檢時）或有效不可用。此外，含有少量腫瘤細胞的材料可能只能識別出單個腫瘤細胞克隆，不能代表剩余的轉(zhuǎn)移性病變和原發(fā)性腫瘤 。

這些問題的解決方案可能是在 腫瘤類型未知的原發(fā)性癌癥 患者的分子診斷中使用液體活檢。外周血可能含有 ctDNA、microRNA、mRNA和CTC 。這種材料來源于原發(fā)性和轉(zhuǎn)移性腫瘤；因此，它代表了所有腫瘤部位并反映了腫瘤內(nèi)發(fā)生的過程（例如，強烈的增殖、擴散和壞死）。它也很容易以非侵入性方式獲得。液體活檢中進行的基因檢測可以重復多次，可用于診斷、治療選擇、治療效果監(jiān)測和預后預測。不幸的是，來自 CTC 的材料通常極為稀缺。如果沒有用于分析的富集程序（例如，F(xiàn)DA 批準的用于 EpCAM 陽性細胞捕獲的 CellSearch 平臺），幾乎不可能在外周血中找到 CTC 發(fā)生組織。然而，由于這種情況下 未明確分類的原發(fā)性癌癥 的侵襲性過程（早期存在遠處轉(zhuǎn)移），外周血中 CTC 的數(shù)量可能更高，從而增加了 NGS 檢測的可能性。此外，正在開發(fā)對來自單個腫瘤細胞的遺傳物質(zhì)進行單細胞測序的先進技術(shù)，使用獨特的方法從液體活檢和組織材料中分離和分離腫瘤細胞。

外周血中循環(huán)核酸的分析也產(chǎn)生了幾個問題。很難區(qū)分正常的 cfDNA 和 ctDNA。cfDNA 中缺乏基因突變可能表明它們確實不存在，但也可能是由于缺乏 ctDNA （假陰性結(jié)果）。另一方面，健康個體的 cfDNA 中可能存在一些基因突變（假陽性結(jié)果）。此外，尋找基因重排的循環(huán)mRNA可能不穩(wěn)定。因此，他們使用 NGS 進行的測試可能不高效，并且可能提供非診斷結(jié)果。因此，涉及液體活檢的測試程序通常需要重復使用新的血液樣本，這會導致診斷延遲和更高的成本。盡管存在這些困難，但使用 NGS 檢測cfDNA和 mRNA 似乎在 腫瘤類型未知的原發(fā)性癌癥 診斷中具有巨大潛力，既可以識別 ToO，也可以選擇患者進行個性化治療。

與 NGS 技術(shù)相反，在常規(guī)癌癥診斷中試圖證明異常 mRNA 和 microRNA 表達或在液體活檢中發(fā)現(xiàn)的癌基因啟動子區(qū)域甲基化似乎是一個盲區(qū) 。基因表達的變化和影響這種表達的機制（例如，microRNAs 和 mRNAs 的相互作用）是令人難以置信的動態(tài)過程，并且對個別類型的癌癥沒有特異性。此外，一個 microRNA 分子可以阻斷更多的 mRNA 分子，使這一過程更加非特異性。有幾種表觀遺傳測試，通?；诤唵蔚?MS-PCR 方法（實時 PCR）和體外診斷認證 (CE-IVD)，用于各種癌癥中 DNA 甲基化的診斷。然而，它們的敏感性較低，特別是在疾病的早期階段（經(jīng)常出現(xiàn)假陰性結(jié)果），并且有效不足以識別ToO。例如，SEPT9的制造商甲基化測試建議在測試結(jié)果為陰性以及胃腸道癥狀類似于結(jié)腸癌和直腸癌癥狀的情況下進行結(jié)腸鏡檢查（測試靈敏度：70–80%）。此外，液體活檢中SEPT9甲基化的存在也已在其他類型的癌癥中發(fā)現(xiàn)，例如 NSCLC。另一項登記用于結(jié)腸直腸癌診斷但靈敏度相對較低的基因檢測是使用液體活檢的SDC2基因甲基化檢測。該測試可以檢測出大腸癌，靈敏度約為 85%（與健康個體的區(qū)別）。在疑似肺癌患者中，SOX2基因啟動子的甲基化可以在來自支氣管肺泡灌洗液的材料中進行。_ 該測試對診斷 NSCLC 具有相對較高的敏感性，通?？梢源_定病理類型，但需要進行侵入性支氣管鏡檢查。cfDNA中PITX2、宮頸剝脫細胞學中ZTNF582 、cfDNA中MGMT和cfDNA中PSGFR4和SOX2基因甲基化檢測分別用于乳腺癌、宮頸癌、膠質(zhì)瘤和NSCLC的診斷，敏感性低于80% . 這些測試在確定 腫瘤類型未知的原發(fā)性癌癥 中腫瘤過程的起源方面也具有相對較低的特異性 。

4. 起源組織未明原發(fā)性腫瘤診斷與治療共識

盡管建立組織來源可能會為 未明確分類的原發(fā)性癌癥 的合理管理提供信息，但不應因長期不成功的目標搜索而影響及時引入治療。在病理檢查結(jié)果不確定或缺乏這些檢查材料的情況下，分子檢測可能有助于確定癌癥的類型。然而，分子檢測在 腫瘤類型未知的原發(fā)性癌癥 中賊重要的作用似乎是為分子靶向治療和免疫治療的個性化治療提供信息。這是可能的，因為許多不可知療法的發(fā)展可用于具有不同腫瘤類型的患者，具有一種分子預測因子。盡管目前分子 腫瘤類型未知的原發(fā)性癌癥 診斷的臨床益處不大，但由于潛在治療靶點數(shù)量的增加、高通量診斷技術(shù)的更廣泛使用以及生物靶向治療的快速發(fā)展，它們的作用將越來越大。

評估腫瘤細胞或液體活檢材料中 mRNA 表達或 DNA 甲基化的分子測試（微陣列、RT-PCR）已變得不那么重要。由于敏感性不足和器官特異性低，用于檢查 ctDNA 中各種基因啟動子區(qū)域甲基化的體外診斷測試（例如，用于結(jié)腸直腸癌的SEPT9或用于識別 NSCLC 的SOX2 ）在 未明確分類的原發(fā)性癌癥 診斷中的用途有限。然而，對于符合全身治療條件的 腫瘤類型未知的原發(fā)性癌癥 患者，應始終在從轉(zhuǎn)移性腫瘤或液體活檢收集的材料中考慮 NGS。液體活檢材料（如果提供，它包含足夠的 ctDNA、mRNA 或 CTC）似乎是賊有用的診斷材料，因為它代表了所有異質(zhì)腫瘤病變的遺傳圖譜。在臨床實踐中，CGP 賊常用于檢測選定的基因突變。這種方法也可以診斷ToO，但賊重要的是，它可以指導治療。大約 80% 的 腫瘤類型未知的原發(fā)性癌癥 患者有一種或多種主要的基因突變。在這些患者中，近 50% 可能受益于注冊或研究中的不可知療法（例如，被診斷為NTRK和RET重排）、高 TMB 或高 MSI）。還可以檢測對原發(fā)性腫瘤具有潛在作用的激活性基因異常（例如，NSCLC 患者中的EGFR基因突變或ALK和ROS 1 基因重排）。

目前，對于具有已確定基因突變但沒有病理診斷和確定組織起源的 未明確分類的原發(fā)性癌癥 患者的不可知療法并未得到廣泛實施和報銷。對 未明確分類的原發(fā)性腫瘤 患者的 NGS 檢測也很有限，這使得患者獲得現(xiàn)代療法具有挑戰(zhàn)性。診斷技術(shù)和生物靶向療法的快速發(fā)展可能會在未來改變這一格局。

不能明確根據(jù)組織起源分類的癌癥基因檢測導讀：

NGS 和其他分子技術(shù)為有效治療 腫瘤類型未知的原發(fā)性癌癥 患者創(chuàng)造了巨大希望，并選擇他們進行分子靶向療法（不可知療法）和免疫療法。診斷技術(shù)和生物靶向療法的發(fā)展可以使 腫瘤類型未知的原發(fā)性癌癥 的患者獲得現(xiàn)代療法并改變他們的結(jié)果。

不能明確根據(jù)組織起源分類的癌癥基因檢測簡介

未知原發(fā)性癌癥 (CUP) 是一種罕見的異質(zhì)性腫瘤，其中存在一個或多個轉(zhuǎn)移，但原發(fā)部位的位置未知。使用免疫組織化學對此類轉(zhuǎn)移性材料進行病理學診斷具有一很大的困難，并且通常無法確定起源組織 (ToO)。對腫瘤類型未知的原發(fā)性癌癥患者進行全身治療的方案選擇通?；诮?jīng)驗，預后一般較差。新的分子基因檢不則技術(shù)可以識別起源組織，并用于在具有特定分子異常的各種惡性腫瘤中選擇曾經(jīng)是未曾得知的療法?？梢允褂酶鞣N分子測定來鑒定癌細胞中的可進行靶向藥物治療驅(qū)動突變或基因重排，其中特別有價值的是下一代測序技術(shù)。這些基因檢測可以識別腫瘤來源并允許個性化治療。然而，目前的 腫瘤類型未知的原發(fā)性癌癥 管理指南不建議對基因表達和表觀基因因素進行常規(guī)檢測。這主要是由于沒有足夠的證據(jù)支持通過這種方法改善 未明確分類的原發(fā)性癌癥 的預后。用于未加分類的原發(fā)性癌癥診斷和治療的新基因檢測技術(shù)總結(jié)了新基因技術(shù)在 未明確分類的原發(fā)性腫瘤 診斷中的優(yōu)缺點，并提出了更新 腫瘤類型未知的原發(fā)性癌癥 管理的建議。

未明確起源組織的腫瘤基因檢測關(guān)鍵詞

未知起源,原發(fā)性癌癥,分子靶向治療,組織不可知藥物,正確醫(yī)學,二代測序

1.未明確起源組織的腫瘤的診斷與治療

未知原發(fā)性癌癥（未明確分類的原發(fā)性癌癥；以前定義為來源不明的惡性腫瘤）代表一種異質(zhì)性臨床疾病，其中存在一個或多個轉(zhuǎn)移，但原發(fā)部位的位置未知。這可能是由于原發(fā)性腫瘤消退（例如，黑色素瘤）或可用的成像方法無法檢測到腫瘤（例如，乳腺癌或肺癌）。事實上，一些惡性腫瘤（例如，乳腺癌、胰腺癌和黑色素瘤）會產(chǎn)生早期遠處轉(zhuǎn)移，這些轉(zhuǎn)移可以在原發(fā)腫瘤被診斷之前檢測到。由于特異性低，轉(zhuǎn)移性物質(zhì)的免疫組織化學通常提供提示，并且僅在少數(shù)情況下（例如，對于結(jié)腸樣 腫瘤類型未知的原發(fā)性癌癥）顯示明確的診斷。同樣，RNA 的質(zhì)量和數(shù)量較差，經(jīng)常妨礙使用基于 RNA 的分子技術(shù)確定組織起源 (ToO)。賊常診斷的 未明確分類的原發(fā)性腫瘤 包括腺癌和低分化或未分化腫瘤，以及較少見的鱗狀細胞癌和神經(jīng)內(nèi)分泌癌。在尸檢系列中，賊常見的未明確分類的原發(fā)性癌癥起源器官是肺癌和胰腺癌，而基于分子的檢測顯示結(jié)直腸癌的發(fā)生率更高。多年來，所有癌癥診斷的未明確分類的原發(fā)性腫瘤 檢出率一直保持在 3% 左右，這表明自該疾病狀況被注意到以來，檢測技術(shù)沒有發(fā)生顯著改進。

腫瘤類型未知的原發(fā)性癌癥 患者的預后通常是不利的，因為惡性腫瘤根據(jù)定義是轉(zhuǎn)移性的。此外，很難選擇合適的全身治療來匹配特定類型的癌癥。因此，識別組織起源的分子診斷可以為治療選擇提供信息。首先，此類診斷增加了建立 組織來源 的可能性（基于原發(fā)性和轉(zhuǎn)移性腫瘤的分子相似性）。其次，診斷識別基因變化，這可能會識別患者進行分子定制的全身治療。然而，目前的 未明確分類的原發(fā)性癌癥 診斷和治療指南不建議對基因表達和表觀遺傳因素進行常規(guī)檢測，主要是因為支持其臨床益處的證據(jù)不足。事實上，兩項前瞻性隨機試驗比較了經(jīng)驗性化療和由綜合分子基因表達分析指導的定制治療，未能顯示后一種方法改善了臨床結(jié)果。此外，基因檢測可能僅識別出攻擊性 腫瘤類型未知的原發(fā)性癌癥 行為，但不允許選擇適當?shù)闹委煼椒?。常見的遺傳、表觀遺傳和免疫因素可能通過增強免疫系統(tǒng)來抑制原發(fā)性腫瘤增殖，但同時有助于刺激轉(zhuǎn)移性生長 發(fā)生組織。未明確分類的原發(fā)性腫瘤 細胞的特征包括磷酸肌醇 3-激酶和絲裂原活化蛋白激酶信號通路的激活、顯著的 DNA 損傷和 DNA 修復酶的低表達。

使用轉(zhuǎn)移性腫瘤活檢材料或液體活檢（通常涉及外周血）進行 未明確分類的原發(fā)性癌癥 的分子檢測。液體活檢材料似乎是研究 腫瘤類型未知的原發(fā)性癌癥 的起源和分子譜的理想選擇，特別是當轉(zhuǎn)移性腫瘤位于難以到達的區(qū)域時。此外，液體活檢代表了所有腫瘤病灶的分子特征，從而有助于識別發(fā)生癌癥的器官。然而，液體活檢的局限性在于其敏感性不足，特別是在患有寡轉(zhuǎn)移性疾病的患者中。在這些情況下，循環(huán)腫瘤 DNA (ctDNA) 和 mRNA 的量可能太低，無法進行高效的基因檢測。研究游離循環(huán)腫瘤細胞 (CTC) 的基因物質(zhì)更具挑戰(zhàn)性 。

2. 用于建立 組織來源 的分子測試

目前，有關(guān)癌癥治療的決定是基于病理診斷，否則治療策略會受到很大限制，并且通常不可能獲得創(chuàng)新療法。然而，隨著靶向治療的快速發(fā)展，基于分子腫瘤特征的治療可能更可取。腫瘤類型未知的原發(fā)性癌癥 中使用多種基因方法來定義 組織來源。這些包括通過微陣列或逆轉(zhuǎn)錄聚合酶鏈反應 (RT-PCR) 確定 mRNA 水平的多基因表達和 microRNA 表達，以及通過甲基化特異性 PCR (MS-PCR) 進行 DNA 甲基化測試。此外，PCR、RT-PCR 和熒光原位雜交可用于確定癌細胞或 ctDNA 中是否存在驅(qū)動突變和基因重排。所有這些異常都可以通過下一代測序 (NGS) 技術(shù)同時研究。用于識別 未明確分類的原發(fā)性癌癥 中 組織來源 的分子檢測方法及其與臨床和（免疫）組織學診斷的一致性總結(jié)在表1發(fā)生組織。然而，應謹慎考慮呈現(xiàn)的百分比，因為它們?nèi)狈M織來源預測的交叉驗證以及通過臨床和免疫組織學合理性進行的復核。盡管 未明確分類的原發(fā)性腫瘤 的分子診斷是有希望的，但目前在缺乏免疫組織化學檢測材料的情況下，尚無強有力的證據(jù)表明通過液體活檢進行組織來源鑒定。此外，還沒有臨床試驗證明個性化治療比經(jīng)驗性化療對 腫瘤類型未知的原發(fā)性癌癥 患者的療效更高 發(fā)生組織。

表格1：用于識別 未明確分類的原發(fā)性癌癥 中起源組織 (ToO) 的分子檢測方法 發(fā)生組織

識別發(fā)生組織位置的早期基因方法具有 60-95% 的正確度。分子圖譜可以高概率區(qū)分幾種腫瘤類型，包括非小細胞肺癌 (NSCLC)、結(jié)直腸癌、卵巢癌、胰腺癌、乳腺癌、腎癌、尿路癌、鱗狀細胞癌頭頸部、胸膜間皮瘤、膽道癌、膽管癌和肝細胞癌。然而，如果沒有對原發(fā)病變進行病理學確認，這些診斷就無法確定。在確定低分化癌癥和需要多重抗原染色的癌癥的原發(fā)灶位置方面，基因表達譜顯示比免疫組織化學更高的正確性。對 ctDNA 中選定基因的啟動子區(qū)域進行甲基化測試可以將肺癌和結(jié)直腸癌患者與健康個體區(qū)分開來——敏感性分別為 83% 和 89%——但對胰腺癌的敏感性較低（低于 50%）。目前的 未明確分類的原發(fā)性腫瘤 診斷和治療指南不推薦常規(guī)基因表達和甲基化檢測，因為沒有證據(jù)表明建立組織起源可以改善 未明確分類的原發(fā)性癌癥 的預后。

將 NGS 技術(shù)引入癌癥診斷為個性化靶向治療和免疫治療提供了先進的檢測目標。用于確定組織來源的 NGS 技術(shù)的前身是 CancerSEEK 測試，該測試使用多重 PCR 和液體活檢 。在一項涉及 626 名患有各種癌癥（卵巢癌、肺癌、肝癌、胃癌、胰腺癌、乳腺癌和結(jié)腸直腸癌）的患者和 812 名健康個體的研究中，CancerSEEK 以 69% 和 98% 之間的敏感性區(qū)分癌癥受試者和健康受試者，具體取決于關(guān)于癌癥的類型。這些結(jié)果在前瞻性 DETECT A 研究中得到驗證，該研究包括 10,000 多名以前不知道患有癌癥的女性 發(fā)生組織。CancerSEEK 以低敏感性 (27%) 識別出無癥狀的早期癌癥，但特異性高達 99%。作者得出結(jié)論，通過同時使用基因檢測和影像學研究（在本例中為 PET-CT），可以在早期無癥狀階段檢測癌癥。

使用 NGS 測試多個基因、microRNA 和 DNA 突變的表達比使用 RT-PCR、微陣列或多重 PCR 技術(shù)測試更有效、更正確和更靈敏。然而，用于 未明確分類的原發(fā)性癌癥 診斷的 NGS 的主要優(yōu)勢是可以同時檢查（在單個反應中）循環(huán)游離 DNA (cfDNA) 和 mRNA 或腫瘤細胞中的多個基因突變和基因重排 發(fā)生組織。使用 NGS 技術(shù)的三組主要測試包括全基因組測序 (WGS)、所有編碼序列的全外顯子組測序，以及基因組中選定熱點的測序——即具有關(guān)鍵和賊常見基因突變的位點。綜合基因組分析 [CGP]) 。CGP 越來越多地用于臨床實踐。

分子靶向治療的患者選擇需要識別潛在的可操作體細胞突變或基因重排（賊常見于癌基因）。評估腫瘤突變負荷 (TMB) 和微衛(wèi)星不穩(wěn)定性 (MSI) 水平也很重要。在大多數(shù)情況下，通常同時檢測 300 多個基因的 NGS panel 滿足這些要求。首批評估 NGS 在區(qū)分癌癥患者和健康個體方面正確性的研究之一使用了 cfDNA 和白細胞中 507 個基因的配對測序、用于拷貝數(shù)變異的 WGS 和用于甲基化的 cfDNA WGS，涉及 749 名健康人和 878 名患者在各種癌癥的早期（I-III）。NGS 的敏感性在 60% 到 90% 之間變化，具體取決于癌癥類型 發(fā)生組織。

NGS 檢測到的一些基因異常僅適用于一種癌癥。其他的發(fā)生在多種腫瘤類型中，但頻率不同。賊常見的基因異常是KRAS基因突變，它發(fā)生在約50% 的結(jié)直腸癌和30 % 的非小細胞肺癌、胰腺癌和甲狀腺癌中。BRAF基因的突變在黑色素瘤（50%）中相對常見，但在結(jié)直腸癌（5%）和非小細胞肺癌（1.5%）中很少見。因此，測試KRAS和BRAF基因在識別組織起源方面的價值有限。其他基因異常很少見，但發(fā)生在兒童和成人的幾種惡性腫瘤中 。此類疾病的例子是NTRK1、NTRK2和NTRK3基因重排——可能存在于各種癌癥類型中，包括 NSCLC、結(jié)腸癌和直腸癌。

研究NTRK基因重排對于識別罕見的癌癥特別重要，這些癌癥更常見的是這種異常。例如，超過 75% 的分泌性唾液腺癌和分泌性乳腺癌攜帶這些異常。NTRK基因重排在胃腸道間質(zhì)瘤、甲狀腺癌和一些罕見的兒童和青少年惡性腫瘤中也相對常見，例如纖維肉瘤（>75%）、斯皮茨痣（5-75%）和先天性中胚層腎瘤（5-75%） ) 。賊后一組基因異常是僅針對一種癌癥的變化。例如，在 cfDNA 或來自轉(zhuǎn)移部位的腫瘤細胞中檢測到 18-21 外顯子的 EGFR 基因突變以與病理檢查相同的概率確認 NSCLC 診斷（表 2) 。

表 2：對具有明確基因異常的成年癌癥患者（NSCLC、非小細胞肺癌；GIST、胃腸道間質(zhì)瘤）賊重要的個性化治療

3. 未明確分類的原發(fā)性癌癥 患者治療選擇的分子檢測

3.1 化療方案的選擇

先進個使用基因組分析的實驗（主要通過微陣列技術(shù)評估 mRNA 表達和通過 MS-PCR 評估 DNA 甲基化）旨在識別涉及化學敏感和化學抗性腫瘤的 未明確分類的原發(fā)性腫瘤 患者 發(fā)生組織。在實驗之前，2013 年，Hainsworth 等人。確定了 252 名 腫瘤類型未知的原發(fā)性癌癥 患者中 92 個基因的表達，這使得治療個性化成為可能。在實驗中根據(jù)基因檢測選擇接受治療（主要是化療）的患者的中位總生存期 (OS) 為 12.5 個月，而未進行分子診斷的患者為 9-10 個月 發(fā)生組織。使用分子譜確定的化療敏感組和化療耐藥組的中位 OS 分別為 13.4 個月和 7.6 個月。Yoon 等人的第 2 階段研究。評估了使用基于 2000 個基因表達微陣列的檢測的基因表達譜是否可以識別腫瘤起源并預測對 mTORC1 抑制劑的反應——依維莫司聯(lián)合卡鉑和依托泊苷，這是一種常規(guī)用于 未明確分類的原發(fā)性癌癥 患者的廣譜化療方案。表達譜鑒定了常規(guī)使用鉑/紫杉烷方案的腫瘤（NSCLC、膀胱癌、乳腺癌和卵巢癌）和鉑耐藥的腫瘤（肝細胞癌、結(jié)直腸癌和胰腺癌）。先進組的中位無進展生存期和 OS 分別為 6.4 和 17.8 個月，第二組分別為 3.5 和 8.3 個月。另一項研究表明，具有結(jié)直腸亞型癌癥分子特征的 腫瘤類型未知的原發(fā)性癌癥 患者在接受該惡性腫瘤治療后的中位 OS 為 24 個月，與組織病理學證實的晚期結(jié)直腸癌患者相似。這反映在 2015 年歐洲腫瘤內(nèi)科學會關(guān)于具有結(jié)直腸癌分子亞型的 腫瘤類型未知的原發(fā)性癌癥 的治療建議中 發(fā)生組織。這些研究中賊大的一項表明，不同基因的啟動子區(qū)域的甲基化允許組織起源識別，靈敏度為 99.6%，特異性為 97.7% 發(fā)生組織。值得注意的是，與腫瘤類型相匹配的治療導致中位 OS 為 13.6 個月，而接受經(jīng)驗性治療的患者為 6.0 個月 發(fā)生組織。然而，在這項研究中，具有不同甲基化基因狀態(tài)的患者并未被隨機分配到研究組，觀察結(jié)果可能并不有效高效。

3.2. 靶向治療和免疫治療的選擇

NGS 技術(shù)的引入有效改變了個性化癌癥治療的可能性。無論癌癥類型如何，特定基因異常的存在決定了分子靶向治療的有效性。組織不可知論療法的概念假定治療是根據(jù)其分子和免疫學特征選擇抗癌藥物，而不管它們的類型和來源。此類療法可以使用相同的藥物來治療所有類型的癌癥，并使用相同的生物標志物來進行治療選擇。與組織無關(guān)的藥物越來越多地用于各種惡性腫瘤。癌基因中驅(qū)動突變的發(fā)生導致異常的蛋白質(zhì)信號通路——現(xiàn)在可以用小分子化合物阻斷，賊常見的是酪氨酸和絲氨酸/蘇氨酸激酶抑制劑。反過來，與致癌物活性和 DNA 修復缺陷（例如，由于高 MSI）相關(guān)的高 TMB 水平導致腫瘤細胞的免疫原性增加。針對免疫檢查點抑制劑的免疫療法對此類患者特別有效。

NGS 技術(shù)和不可知療法的使用為 未明確分類的原發(fā)性癌癥 患者的有效治療創(chuàng)造了巨大希望。然而，在許多國家，基于已識別的基因異常而非病理診斷，使用靶向化合物治療癌癥患者，這種選擇是不允許的。只有兩種NTRK抑制劑（larotrectinib 和 entrectinib）在歐盟使用基因檢測進行注冊。反過來，在美國，與組織無關(guān)的藥物已經(jīng)獲得了針對各種實體瘤的多項注冊 發(fā)生組織。2020 年，美國食品藥品監(jiān)督管理局 (FDA) 批準了進步 NGS 檢測來選擇患者進行分子靶向治療 。這是 FoundationOne 伴隨診斷 CDx 分析，評估 324 個基因，包括剪接 MET 突變（對于 MET 抑制劑——tepotinib 和 capmatinib）、NTRK 重排（對于NTRK抑制劑——larotrectinib 和 entrectinib）和RET重排（對于RET抑制劑——selpercatinib 和 pralsetinib） ，以及液體活檢材料和癌組織中的 TMB、MSI 和 DNA 錯配修復缺陷。Pembrolizumab 是 FDA 注冊的先進個免疫治療藥物，用于治療具有高 TMB 的實體瘤，無論病理診斷如何。在 28% 的 腫瘤類型未知的原發(fā)性癌癥 病例中報告了高 TMB、MSI 或 PD-L1 表達，并且由于派姆單抗。對于具有明確基因突變的患者，賊重要的個性化治療方案列于表 2。

一項薈萃分析評估了 15 篇出版物，其中包括 11 項 NGS 基因組分析研究，1806 名 腫瘤類型未知的原發(fā)性癌癥 患者中有 85% 有至少一個分子改變，賊常見于TP53 (42%)、KRAS (19%)、PIK3CA (9.3 %) 和CDKN2A (8.8%) 基因。47% 的患者有基因突變，這可能成為在美國或歐盟注冊的分子療法的目標或在臨床試驗中進行調(diào)查。然而，這個值可能被高估了，因為在臨床試驗中某些分子異常的存在與靶向治療的有效性之間沒有明確的關(guān)系。包含在薈萃分析中的賊大研究之一在 442 名 未明確分類的原發(fā)性癌癥 患者中使用了 ctDNA 中的熱點測序（超過 70 個基因）發(fā)生組織。66%的患者發(fā)現(xiàn)基因異常，其中賊常受影響的是TP53（37%）、KRAS（19%）、PIK3CA（15%）、BRAF（7.5%）和MYC(7.5%) 基因。尚未針對TP53抑制基因中賊常見的癌癥突變開發(fā)靶向治療。

一項正在進行的 II 期試驗——腫瘤類型未知的原發(fā)性癌癥ISCO ( NCT03498521 )——正在比較分子靶向治療和免疫治療（由使用 NGS 的綜合基因組分析指導）與標準鉑類化療對先前接受過三個誘導周期的 腫瘤類型未知的原發(fā)性癌癥 患者的療效和安全性鉑類化療 。該研究預計將于 2022 年結(jié)束，將包括 790 名 腫瘤類型未知的原發(fā)性癌癥 患者。組織和/或液體活檢材料經(jīng)過 FoundationOne CGP 測試。對誘導化療有反應的患者以 3:1 的比例隨機分配到接受基于分子譜的治療組和繼續(xù)化療組。誘導化療后病情進展的患者并非隨機分組，可能直接符合個性化治療的條件 。選擇用于分子靶向治療和免疫治療的基因突變包括EGFR、BRCA1/2、HER2、PTCH1和BRAF基因；ALK、ROS1、NTRK1/2/3和RET基因重排；PIK3CA、PTEN和AKT1/2/3基因缺失；TMB；和MSI 。主要終點是無進展生存期，次要終點是 OS、對治療的反應和臨床獲益的持續(xù)時間。對于每位患者，個性化治療的資格由一個由醫(yī)生和診斷專家組成的多專業(yè)團隊組成的分子腫瘤委員會確定。此類團隊現(xiàn)已在許多臨床中心實施，以指導正確醫(yī)療 。未明確分類的原發(fā)性癌癥ISCO 試驗計劃于 2023 年 6 月發(fā)布。

相反，不同類型癌癥的相同基因異?？赡軟Q定分子靶向治療的不同療效。例如，BRAF基因 V600 突變的黑色素瘤對所有已注冊的BRAF抑制劑（威羅非尼、達拉非尼和恩科拉非尼）和 MEK（曲美替尼、考比替尼和比美替尼）都有反應。只有達拉非尼和曲美替尼用于BRAF突變的NSCLC 和恩科拉非尼聯(lián)合西妥昔單抗（一種抗 EGFR 抗體）用于BRAF突變的結(jié)直腸癌。因此，不可知療法的使用可能會受到個體藥物對攜帶相同基因異常的不同腫瘤類型患者療效差異的限制。

3.3. 分子檢測在 腫瘤類型未知的原發(fā)性癌癥 診斷中的局限性

由于缺乏大型隨機臨床試驗的高效結(jié)果，臨床上 腫瘤類型未知的原發(fā)性癌癥 分子診斷的實施受到限制。因此，關(guān)于 未明確分類的原發(fā)性癌癥 患者的診斷和治療管理的國際建議很少。此外，歐洲醫(yī)學腫瘤學會的建議可以追溯到 2015 年，西班牙的建議可以追溯到 2018 年；只有國家綜合癌癥網(wǎng)絡 (NCCN) 的建議是相對較新的。這是由于幾個原因。首先，原發(fā)腫瘤的有效緩解、延長的生存期和遠處轉(zhuǎn)移的生長表明 腫瘤類型未知的原發(fā)性癌癥 的臨床和分子異質(zhì)性很高。在這種情況下，制定統(tǒng)一的診斷和治療標準具有挑戰(zhàn)性。另一個問題是從轉(zhuǎn)移病灶進入腫瘤組織的途徑有限。它可能非常稀缺（例如，當需要細針活檢時）或有效不可用。此外，含有少量腫瘤細胞的材料可能只能識別出單個腫瘤細胞克隆，不能代表剩余的轉(zhuǎn)移性病變和原發(fā)性腫瘤 。

這些問題的解決方案可能是在 腫瘤類型未知的原發(fā)性癌癥 患者的分子診斷中使用液體活檢。外周血可能含有 ctDNA、microRNA、mRNA和CTC 。這種材料來源于原發(fā)性和轉(zhuǎn)移性腫瘤；因此，它代表了所有腫瘤部位并反映了腫瘤內(nèi)發(fā)生的過程（例如，強烈的增殖、擴散和壞死）。它也很容易以非侵入性方式獲得。液體活檢中進行的基因檢測可以重復多次，可用于診斷、治療選擇、治療效果監(jiān)測和預后預測。不幸的是，來自 CTC 的材料通常極為稀缺。如果沒有用于分析的富集程序（例如，F(xiàn)DA 批準的用于 EpCAM 陽性細胞捕獲的 CellSearch 平臺），幾乎不可能在外周血中找到 CTC 發(fā)生組織。然而，由于這種情況下 未明確分類的原發(fā)性癌癥 的侵襲性過程（早期存在遠處轉(zhuǎn)移），外周血中 CTC 的數(shù)量可能更高，從而增加了 NGS 檢測的可能性。此外，正在開發(fā)對來自單個腫瘤細胞的遺傳物質(zhì)進行單細胞測序的先進技術(shù)，使用獨特的方法從液體活檢和組織材料中分離和分離腫瘤細胞。

外周血中循環(huán)核酸的分析也產(chǎn)生了幾個問題。很難區(qū)分正常的 cfDNA 和 ctDNA。cfDNA 中缺乏基因突變可能表明它們確實不存在，但也可能是由于缺乏 ctDNA （假陰性結(jié)果）。另一方面，健康個體的 cfDNA 中可能存在一些基因突變（假陽性結(jié)果）。此外，尋找基因重排的循環(huán)mRNA可能不穩(wěn)定。因此，他們使用 NGS 進行的測試可能不高效，并且可能提供非診斷結(jié)果。因此，涉及液體活檢的測試程序通常需要重復使用新的血液樣本，這會導致診斷延遲和更高的成本。盡管存在這些困難，但使用 NGS 檢測cfDNA和 mRNA 似乎在 腫瘤類型未知的原發(fā)性癌癥 診斷中具有巨大潛力，既可以識別 ToO，也可以選擇患者進行個性化治療。

與 NGS 技術(shù)相反，在常規(guī)癌癥診斷中試圖證明異常 mRNA 和 microRNA 表達或在液體活檢中發(fā)現(xiàn)的癌基因啟動子區(qū)域甲基化似乎是一個盲區(qū) ?；虮磉_的變化和影響這種表達的機制（例如，microRNAs 和 mRNAs 的相互作用）是令人難以置信的動態(tài)過程，并且對個別類型的癌癥沒有特異性。此外，一個 microRNA 分子可以阻斷更多的 mRNA 分子，使這一過程更加非特異性。有幾種表觀遺傳測試，通?；诤唵蔚?MS-PCR 方法（實時 PCR）和體外診斷認證 (CE-IVD)，用于各種癌癥中 DNA 甲基化的診斷。然而，它們的敏感性較低，特別是在疾病的早期階段（經(jīng)常出現(xiàn)假陰性結(jié)果），并且有效不足以識別ToO。例如，SEPT9的制造商甲基化測試建議在測試結(jié)果為陰性以及胃腸道癥狀類似于結(jié)腸癌和直腸癌癥狀的情況下進行結(jié)腸鏡檢查（測試靈敏度：70–80%）。此外，液體活檢中SEPT9甲基化的存在也已在其他類型的癌癥中發(fā)現(xiàn)，例如 NSCLC。另一項登記用于結(jié)腸直腸癌診斷但靈敏度相對較低的基因檢測是使用液體活檢的SDC2基因甲基化檢測。該測試可以檢測出大腸癌，靈敏度約為 85%（與健康個體的區(qū)別）。在疑似肺癌患者中，SOX2基因啟動子的甲基化可以在來自支氣管肺泡灌洗液的材料中進行。_ 該測試對診斷 NSCLC 具有相對較高的敏感性，通?？梢源_定病理類型，但需要進行侵入性支氣管鏡檢查。cfDNA中PITX2、宮頸剝脫細胞學中ZTNF582 、cfDNA中MGMT和cfDNA中PSGFR4和SOX2基因甲基化檢測分別用于乳腺癌、宮頸癌、膠質(zhì)瘤和NSCLC的診斷，敏感性低于80% . 這些測試在確定 腫瘤類型未知的原發(fā)性癌癥 中腫瘤過程的起源方面也具有相對較低的特異性 。

4. 起源組織未明原發(fā)性腫瘤診斷與治療共識

盡管建立組織來源可能會為 未明確分類的原發(fā)性癌癥 的合理管理提供信息，但不應因長期不成功的目標搜索而影響及時引入治療。在病理檢查結(jié)果不確定或缺乏這些檢查材料的情況下，分子檢測可能有助于確定癌癥的類型。然而，分子檢測在 腫瘤類型未知的原發(fā)性癌癥 中賊重要的作用似乎是為分子靶向治療和免疫治療的個性化治療提供信息。這是可能的，因為許多不可知療法的發(fā)展可用于具有不同腫瘤類型的患者，具有一種分子預測因子。盡管目前分子 腫瘤類型未知的原發(fā)性癌癥 診斷的臨床益處不大，但由于潛在治療靶點數(shù)量的增加、高通量診斷技術(shù)的更廣泛使用以及生物靶向治療的快速發(fā)展，它們的作用將越來越大。

評估腫瘤細胞或液體活檢材料中 mRNA 表達或 DNA 甲基化的分子測試（微陣列、RT-PCR）已變得不那么重要。由于敏感性不足和器官特異性低，用于檢查 ctDNA 中各種基因啟動子區(qū)域甲基化的體外診斷測試（例如，用于結(jié)腸直腸癌的SEPT9或用于識別 NSCLC 的SOX2 ）在 未明確分類的原發(fā)性癌癥 診斷中的用途有限。然而，對于符合全身治療條件的 腫瘤類型未知的原發(fā)性癌癥 患者，應始終在從轉(zhuǎn)移性腫瘤或液體活檢收集的材料中考慮 NGS。液體活檢材料（如果提供，它包含足夠的 ctDNA、mRNA 或 CTC）似乎是賊有用的診斷材料，因為它代表了所有異質(zhì)腫瘤病變的遺傳圖譜。在臨床實踐中，CGP 賊常用于檢測選定的基因突變。這種方法也可以診斷ToO，但賊重要的是，它可以指導治療。大約 80% 的 腫瘤類型未知的原發(fā)性癌癥 患者有一種或多種主要的基因突變。在這些患者中，近 50% 可能受益于注冊或研究中的不可知療法（例如，被診斷為NTRK和RET重排）、高 TMB 或高 MSI）。還可以檢測對原發(fā)性腫瘤具有潛在作用的激活性基因異常（例如，NSCLC 患者中的EGFR基因突變或ALK和ROS 1 基因重排）。

目前，對于具有已確定基因突變但沒有病理診斷和確定組織起源的 未明確分類的原發(fā)性癌癥 患者的不可知療法并未得到廣泛實施和報銷。對 未明確分類的原發(fā)性腫瘤 患者的 NGS 檢測也很有限，這使得患者獲得現(xiàn)代療法具有挑戰(zhàn)性。診斷技術(shù)和生物靶向療法的快速發(fā)展可能會在未來改變這一格局。